Oddělení experimentálních a měřících metod
Oddělení experimentálních a měřících metod se věnuje především činnosti vědecké a vzdělávací, a to ve studiu bakalářském, magisterském i doktorandském, a dále činnosti expertní a konzultační. Podílí se také na doplňkové činnosti ústavu.
Oddělení stavebních materiálů
Oddělení stavebních materiálů se věnuje činnosti vědecké, vzdělávací i praktickým aplikacím ve stavební praxi formou analýz, posudků a konzultací. Oddělení úzce spolupracuje s ostatními součástmi Kloknerova ústavu.
Oddělení spolehlivosti konstrukcí
Činnost oddělení je orientována na spolehlivost a hodnocení rizik konstrukcí a technických systémů ve stavebnictví, dále na tvorbu národních a mezinárodních norem a jejich zavádění do systému českých norem a řešení národních a mezinárodních výzkumných a vzdělávacích projektů.
Oddělení hospodářsko-správní
Zabezpečuje hospodářsko-správní agendu nezbytnou pro řádný chod ústavu, zejména administrativní a organizační zajištění vědecko-výzkumných prací a vzdělávací činnost, zahraničních styků, propagace služeb, provozu ústavu a další.

